單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉(zhuǎn)錄組測序兩個方面，分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增方法：MALBAC方法及MDA方法，而單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術、10×genomics技術及Andeplete技術。
今天主要和大家聊聊單細胞轉(zhuǎn)錄組測序。要實現(xiàn)單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，需要解決2個難題：
1.PCR偏差：單個細胞含有約10pg total RNA，而約80%以上信息為rRNA，從單細胞RNA到文庫意味著核酸的擴增量要達到百萬倍以上。而在這個高的擴增量不引入PCR偏差一直是個較大的問題。 我們可以想一下，如果兩個樣本基因表達量是相同的，但擴增效率A是99%，B是97%，在擴增30個循環(huán)后，兩者在擴增后的表達就有了1.84(0.99^30/0.97^30)倍的差異。而當我們分析差異基因的時候如果選1.5倍作為差異基因的標準，那么本來沒有差異的基因也會出現(xiàn)差異。
2.去除rRNA：rRNA(核糖體RNA)在total RNA占比一般在80%以上，如果不加區(qū)分地進行逆轉(zhuǎn)錄，再擴增、建庫很可能測序得到的絕大部分序列都是rRNA的序列，但是一般情況下，如果你更關心mRNA等編碼基因的序列，rRNA序列不能給我們帶來有效的信息，可以說它是無用的。
下面我們來分別介紹單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的三個擴增技術：
SMART擴增技術：
SMART擴增技術的核心技術就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。
特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第一個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時侯，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。
特殊引物2由一段通用序列及它的3’端是3個非脫氧的G堿基構成，也就是核糖核酸的、RNA的G堿基，而不是DNA的G堿基，這個引物可以與剛才新合成的cDNA的3’端的那幾個C堿基發(fā)生互補雜交，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，然后引導這個MMLV酶再次發(fā)揮聚合作用，以剛才那條新合成的cDNA為模板，復制的結(jié)果，就是得到雙鏈的cDNA。
這個雙鏈cDNA，兩端都已經(jīng)接好了我們?nèi)斯ぴO計的PCR引物序列，然后，就加入常規(guī)的PCR引物，進行常規(guī)的PCR擴增，常規(guī)PCR擴增，得到大量DNA。然后可以象常規(guī)的DNA建庫那樣，超聲打斷、建庫、上機測序了。
通過SMART技術得到的主要是mRNA信息，LncRNA信息大部分會丟失，SMART技術對于RNA的質(zhì)量要求較高，如果RNA出現(xiàn)降解會導致mRNA 5’端信息丟失。通用引物技術能保證擴增的均一性，但PCR引入的突變不能夠分析出來單細胞轉(zhuǎn)錄組測序。
10×genomics技術：
首先再凝膠微珠上種上特定的DNA片段，DNA片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化(4^10 = 1,048,576)，UMI的作用是為了區(qū)分哪些哪些reads是來自于一個原始cDNA分子，區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。
通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴，接下來把細胞膜破掉，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序讓細胞當中的mRNA游離出來。游離出來的mRNA與小液滴中的水相混合，也就是和逆轉(zhuǎn)錄酶、結(jié)合在凝膠微珠上的核酸引物、以及dNTP底物相接觸。
接著，發(fā)生逆轉(zhuǎn)錄反應。mRNA與凝膠微珠上帶標簽的DNA分子相結(jié)合，在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下，逆轉(zhuǎn)錄出cDNA來。把這個乳濁液當中所有的水相抽出來，也就是把所有帶了標簽的cDNA分子都抽出來，再把這些cDNA分子都加上接頭，經(jīng)過PCR擴增，做成illumina的測序文庫，放到Illumina的測序儀上進行測序。測序完成之后，進行數(shù)據(jù)分析。
10×genomics技術一次可以同時得到大量大細胞數(shù)據(jù)，但只能得到mRNA信息，LncRNA大部分信息丟失，UMI技術能很好去除認為分析引入duplication及PCR引入SNP位點。同樣對RNA質(zhì)量要求高，降解同樣會引起5’端信息丟失。
Anydeplete技術：
Anydeplete技術首先通過隨機引物進行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物，用于酶切降解。當形成單鏈文庫后，設計特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合，一輪退貨延伸，rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構。Reverse adaptor上帶有特異的酶切位點，當形成雙鏈結(jié)構酶切位點被識別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭，而其他文庫帶有完整接頭，通過PCR擴增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術與10×genomics技術單細胞轉(zhuǎn)錄組測序一樣，包含分子標簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點。
Anydeplete技術能夠用于降解性樣本，保證5’端及3’端信息的完整，能同時得到mRNA及LncRNA信息，如果只希望得到mRNA信息，Anydeplete技術則會引起一部分數(shù)據(jù)浪費。
總結(jié)： SMART技術可用于單細胞mRNA測序，對RNA質(zhì)量要求高，RNA降解會引起5’端信息丟失，沒有分子標簽功能。 10×genomics技術可用于單細胞mRNA測序，對RNA質(zhì)量要求高，RNA降解會引起5’端信息丟失，有分子標簽功能。 Anydeplete技術可用于單細胞mRNA及LncRNA測序，對RNA質(zhì)量要求不高，可用于降解性樣本單細胞轉(zhuǎn)錄組測序。
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